法比安·恩斯特在不莱梅的经历，没有弗兰克·鲍曼那样令人喜爱。恩斯特在鹦鹉军团效力五年，却始终未能与球队和平分手。早在2004年12月，他便秘密与沙尔克04达成加盟意向，但在赛季结束前却对外表达“我想留在这里”的立场。最终他以自由转会形式前往沙尔克04，随即与不莱梅球迷在社交媒体上展开争论，被指责为对恩宠之地的背叛。在转回威悉球场时，恩斯特遭到球迷的嘘声。然而，他对此并不在意，毫不客气地嘲讽说：“他们根本不懂得职业足球。”尽管转会后他试图缓解这种敌对情绪，声称自己只是想换个环境，但他心里清楚，这样的行为在不莱梅并非个案，前辈们如埃尔顿和克尔斯塔季奇都是在赢得双冠后选择了沙尔克04。更有意味的是，鲍曼，此时担任沙尔克的体育总监，曾被尊称为不莱梅的荣誉队长。

对于不莱梅的球迷来说，恩斯特的背叛无疑是令人痛心的，看到昔日的功臣走向对立，一切成就似乎都成了徒劳。尽管以100万欧元的转会费加盟，他在2003-04赛季带领不莱梅捧起国内双冠的表现令人印象深刻，成为了德国国家队的一员。恩斯特的表现也得到了鲍曼的认可，称他是理想的中场搭档。他在不莱梅期间出场195次，打入12球和助攻11次，这对于一名以防守见长的球员来说已属不易。尤其是在2003年与多特蒙德的比赛中，恩斯特的一记长距离吊射成为经典，皮球越过对方门将，打破了多特蒙德最长的主场不败纪录，令他一跃成为德甲比赛集锦中的一部分。他曾半开玩笑地说：“或许人们不记得我，但会永远记住那脚吊射。”

然而，在不莱梅的岁月中，恩斯特也经历过不少低谷。在2004-05赛季的欧冠1/8决赛中，他所在的球队以2-7惨败于里昂，恩斯特在此役中表现糟糕，完成四次犯规，遭遇四次过人，传球成功率仅为58%，不禁感叹那是职业生涯的灾难。虽然这样的失败并非全由他一人造成，但他无疑成为了众矢之的。在一次训练中，他因支持克洛泽与米库发生冲突，最终导致眉骨受伤，缝了八针。米库逃过禁赛，恩斯特对这种不公的待遇感到失望，似乎也为他的离队决定埋下了伏笔。

离开不莱梅后的恩斯特，并未迎来转机。尽管曾入选德国国家队，但在2004年欧洲杯上他总计只出场12分钟，在对阵荷兰时出现了致命失误，被对手抢断之后对方顺势攻入一球，拿下了全场最低分。转会到沙尔克04后的表现平平，尽管起初备受重视，但是随着比赛的进行，他也未能在此找到自己的立足之地。恩斯特在沙尔克短短两个赛季里屡屡出现失误，曾在对拜仁的比赛中表现不佳，获得全场最低分，甚至在对利物浦的欧冠赛中也未能突出重围。

在沙尔克期间，他以31张黄牌和2张红牌的记录展现了自己的消极一面。在2009年30岁时，恩斯特选择离开五大联赛，开启了新的征程。在土耳其，他以最佳外籍球员的身份焕发光彩，虽然在贝西克塔斯的三年中付出了36张黄牌的代价，但他也逐渐适应了这种风格。后来赴卡辛帕沙展开另一段旅程，继续作为队长征战，尽管在生涯首次单赛季零进球。

最终，34岁的恩斯特选择回到家乡汉诺威，在德国第四级别联赛中结束职业生涯。他表示，身体状况不如从前，重回家乡的他只是想真正享受足球，而不是华丽的告别演出。